Հասկանալու համար, թե պատվաստանյութերն ինչպես են աշխատում, առաջնահերթ պետք է պատկերացնենք, թե ինչպես է աշխատում իմուն համակարգը: Մեր իմուն համակարգի հիմնական գործը իմունիտետի ձևավորումն է և մեզ պաշտպանելն այն ամենից, ինչը թափանցում է մեր օրգանիզմ և չի պատկանում մեր օրգանիզմին: Իմունիտետն օրգանիզﬕ անընկալունակությունն է վարակիչ հիվանդությունների նկատմամբ:
Իմուն համակարգի շնորհիվ օրգանիզմը հայտնաբերում է վնասակար բակտերիաներին, վիրուսներին և վնասազերծում դրանց: Իմուն համակարգի օրգաններն են ոսկրածուծը, փայծաղը, ուրցագեղձը, ավշային հանգույցները, նշիկներն ու աղիների պատերում գտնվող ավշանման հյուսվածքի կուտակումները։
Ուրցագեղձն ու ոսկրածուծը իմունային համակարգի կենտրոնական օրգաններն են։ Ոսկրածուծում զարգանում են արյան հատուկ տեսակի բջիջներ, որոնք կոչվում են լիմֆոցիտներ: Լիմֆոցիտներն արյան հունով հասնում են դեպի իմուն համակարգի այլ օրգաններ, որտեղ նրանց մի մասը տարբերակվում է այսպես կոչված՝ T և B լիմֆոցիտների, որոնք պատասխանատու են իմունիտետն ապահովող հակամարմինների ստեղծման համար:
Իմունիտետը լինում է բնածին և ձեռքբերովի: Ձեռքբերովի իմունիտետն առաջանում է կյանքի ընթացքում, երբ մարդը վարակվում է այս կամ այն հիվանդությամբ, որի հարուցիչների նկատմամբ առաջանում են համապատասխան հակամարﬕններ, կամ էլ՝ երբ օրգանիզմ են մտցվում տվյալ հիվանդության թուլացած, մահացած հարուցիչները կամ հարուցիչի մասնիկները կամ հարուցչի սպեցիֆիկ թույնը՝ նախապես վնասազերծված (անատոքսին), որոնք կոչվում են հակածիններ (անտիգեն) և ներառվում են պատվաստանյութերի բաղադրության մեջ:
Պատվաստանյութերը հիվանդություն չեն առաջացնում, բայց խթանում են իմուն համակարգը և առաջացնում են հակամարﬕններ կոնկրետ հիվանդության դեմ: Երբ անձը պատվաստվում է, իմուն համակարգն անմիջապես հայտնաբերում է հակածիններին և ճիշտ նույն մեխանիզմով արտադրվում են հակամարմիններ, ինչ որ բնական հիվանդության դեպքում: Անձի մոտ զարգանում է իմունիտետ այդ հիվանդության նկատմամբ` առանց հիվանդանալու: Այսպիսով, պատվաստանյութը վարժեցնում է իմուն համակարգին, և դրանից հետո, եթե հիվանդության հարուցիչը երբևէ հայտնվի օրգանիզմում, ապա իմունային համակարգն արդեն տեղյակ կլինի, թե ինչպես պայքարել դրա դեմ։ Ահա թե ինչու են պատվաստանյութերը համարվում հզոր միջոց, ի տարբերություն շատ դեղամիջոցների, որոնք բուժում են արդեն առկա հիվանդությունը, պատվաստանյութերը կանխարգելում են դրանք: